Wody mineralne, w tym też termalne, zwłaszcza słone, występują w regionie wodnym Dolnej Wisły dość powszechnie, ale na różnych głębokościach. Ogólnymi prawidłowościami są: wzrost stopnia zmineralizowania wody oraz wzrost jej temperatury wraz z głębokością występowania poziomów wodonośnych. Inna prawidłowość dotyczy parametrów zbiornikowych poziomów wodonośnych, które maleją na ogół wraz z głębokością, a tym samym maleją wydatki jednostkowe uzyskiwane w eksploatacyjnych otworach hydrogeologicznych. Poza regionalnymi wyjątkami, głównymi piętrami, w których na tym obszarze występują wody mineralne i/lub termalne, są piętra: kredy, jury, triasu i miejscami permu oraz kambru. Utwory dolnego paleozoiku, tj. dewonu, syluru, ordowiku i miejscami kambru, są tu na ogół bezwodne lub bardzo słabo zawodnione. Poziomem o największym regionalnym rozprzestrzenieniu, w którym występują wody mineralne i termalne, jest poziom pstrego piaskowca - dolnego Triasu.

Wody podziemne, z uwagi na dostępność i powszechność ich wykorzystania, odgrywają szczególną rolę w procesie szacowania skutków zmian klimatu w Gdańsku i jego okolicach. Bazuje na nich system zaopatrzenia miasta w wodę do picia i na potrzeby przemysłowe. Roczna produkcja wynosi około 18 mln. m³, co stanowi ponad 70% całkowitej konsumpcji wody w Gdańsku. Zagrożenia dla wód podziemnych w kontekście postępujących zmian klimatycznych należy upatrywać z kilku źródeł. Przede wszystkim wzrost poziomu morza zwiększa ryzyko ingresji wód słonych do użytkowych poziomów wodonośnych. Wzrasta częstotliwość zjawisk ekstremalnych (sztormy, powodzie, nawalne opady), a wraz z nią zagrożenie zalaniem przez zanieczyszczone wody terenów ujęć i obszarów zasilania. Infiltrujące z powierzchni terenu wody zalewowe same stanowią źródło zanieczyszczenia, a także przyczyniają się do rozpuszczania i wnikania w głąb ziemi zanieczyszczeń składowanych na powierzchni terenu.

Pojezierze Kaszubskie cechuje bogactwo i różnorodność występowania wód podziemnych. Ponad wielopiętrowym systemem wodonośnym obejmującym wody podziemne o charakterze użytkowym występują płytkie wody podziemne często określane mianem „wód gruntowych”. Identyfikowane są one najczęściej z pierwszym (od powierzchni terenu) poziomem wodonośnym. W ostatnich latach są one również coraz częściej przedmiotem badań w hydrogeologii. Zainteresowanie tymi wodami wynika m. in. z realizacji zadań związanych z wdrażaniem dyrektyw Unii Europejskiej: Ramowej Dyrektywy Wodnej i tzw. Dyrektywy Azotanowej, Obie dyrektyw uwypuklają związki pierwszego poziomu wodonośnego z ekosystemami wodnymi i lądowymi.

W strefie wybrzeża morskiego przebiega granica między dwoma środowiskami hydrochemicznymi (tzw. powierzchnia rozdziału). Jedno z nich - to morze, z osadami dennymi wypełnionymi słonymi wodami, drugie - to słodkie wody podziemne, występujące w warstwach wodonośnych strefy brzegowej. Oba te środowiska kontaktują się ze sobą. W warunkach naturalnych istnieje między nimi stan równowagi.